多种原因可以导致肾痛，如感染，囊肿、结石、劳累等。在发现肾痛后应寻找病因，以防因不注意而导致原有病情加重。常见致病菌感染所导致的肾痛，最常见的致病菌为金黄色葡萄球菌，细菌可以由其他部位化脓病灶经血液进入肾脏、例如疖、痛、脓肿、感染伤口、上呼吸道感染、及肾邻近组织感染等。初期病变局限于肾皮质形成多发微小脓肿，继之可集合成多房性脓肿，部分病人可由小脓肿融合成大脓肿，成为肾痛，少数病人到晚期，近皮质肾痛可穿破包膜，发展成为肾周脓肿，近肾盏的脓肿可穿孔向肾盂引流，则尿中可找到细菌。其它原因如囊肿、结石等也可以引起肾痛，通常输尿管结石会让人感到剧烈的疼痛。肾囊肿及各种类型的肾炎由于肾间质受损也会引起肾痛。长时间采取坐姿或走了很长时间的路之后也会感到肾部发酸、发胀似的疼痛。
